Alleiniger Träger der Schule ist der Schulverein "Franz von Assisi" Ilmenau e.V.
Ihm obliegt unter Einhaltung der staatlichen Bestimmungen für Schulen in freier Trägerschaft die gesamte Umsetzung, Organisation und Finanzierung des Schulkonzeptes.
Der Verein hat etwa 30 Mitglieder und 6 Fördermitglieder.
Die Mitglieder des Vereins tragen in ehrenamtlicher Tätigkeit zur Erfüllung dieser Aufgaben bei und helfen gemeinsam mit den Kindern, Pädagogen und Eltern bei der Ausgestaltung des Schullebens.
Mitglieder sind momentan Eltern, Pädagogen und Menschen, die den Gedanken einer reformpädagogischen Schule in Ilmenau unterstützen.